Dansk Flygtningehjælp har arbejdet med de sydsudanske flygtninge i Uganda siden 1999.  Fredsaftalen i 2005 og den faktiske indstilling af fjendtlighederne åbnede mulighed for omfattende hjemvendelse af flygtninge og internt fordrevne. Som følge heraf iværksatte Dansk Flygtningehjælp en operation i Sydsudan i slutningen af 2005 med det overordnede mål at yde fysisk og organisatorisk bistand for dels at understøtte hjemkomsten for flygtningene og de internt fordrevne og dels at finde varige løsninger på deres situation. Vi er nu aktive i fire distrikter i Central Equatoria State: Kajo Keji, Yei, Lainya og Morobo.

Dansk Flygtningehjælp anvender den deltagerorienterede metode, Participatory Rural Appraisal (PRA), inden for lokalsamfundene. Samfundene opstiller således selv en samfundsudviklingsplan med en prioritering af deres behov, og Dansk Flygtningehjælp udvælger de vigtigste behov i overensstemmelse med budgetrammen. Samfundet bidrager med lokale materialer til at realisere de prioriterede planer.

Udvikling i eksistensgrundlag
I Sydsudan arbejder Dansk Flygtningehjælp efter en græsrodsmetode gennem lokale landbrugsskoler (farmer field schools), hvor grupper på 20-30 landmænd modtager såsæd, redskaber og undervisning i dyrkning og ledelsespraksis. Formålet er, at medlemmer af samfundet skal kunne lære af de metoder, der bruges på demonstrationsmarkerne, og dermed bidrage til at skabe højere indkomst og større fødevaresikkerhed. Der er oprettet 64 lokale landbrugsskoler inden for de seneste tre år, og alene i 2009 er der startet 28 landbrugsskoler.
Rehabilitering eller opbygning af infrastruktur i mindre skala

• I landdistrikterne opføres skoler i regi af Dansk Flygtningehjælp i samarbejde med lokalsamfundene, der leverer lokale materialer. Frem til nu har Dansk Flygtningehjælp opført 12 skoler, mens yderligere fem bliver (gen)opført i 2009 i Central Equatoria.
• Vi forsyner også samfundene med vand gennem vandopsamling, vandboringer og sikring af lave brønde.
• For at sikre retsstatens opretholdelse og borgernes adgang til oplysninger har Dansk Flygtningehjælp også opført offentlige bygninger, såsom politistationer og ressourcecentre.

Kapacitetsopbygning
Dansk Flygtningehjælp har opbygget kapaciteten i civilsamfundets organisationer, hos lokale myndigheder og blandt offentligheden. Dette er opnået gennem:

• Undervisning i retlige forhold via juridiske fora og computeruddannelse for offentligheden med undervisning i informationssøgning på internettet.
• Beskyttelse, fortalervirksomhed og oplysning i form af nyhedsbreve med historier fra offentligheden og ansatte, radioudsendelser, juridiske fora samt en-til-en-dialog med myndighederne for at fremme retstilstanden og gennemsigtigheden i samfundet.

Non-food-nødhjælp 
Dansk Flygtningehjælp har hjulpet personer, der er blevet fordrevet af LRA-oprørerne i Sudan, med moskitonet, tæpper, gryder, hakker og vanddunke, da oprørerne typisk stjæler alle deres basale fornødenheder.

20 års borgerkrig
I 2005 trådte Sudan ud af skyggen af en 20-årig borgerkrig mellem det overvejende muslimske nord og det animistiske og kristne syd – kun for at se kampe bryde ud i Darfur-regionen i den vestlige del af landet i starten af 2003. Borgerkrigen mellem nord og syd antages at have kostet 1,5 millioner mennesker livet. Ifølge FN er over 2 millioner flygtet fra deres hjem i Darfur, og mellem 200.000 og 400.000 har mistet livet på grund af de direkte og indirekte følger af krigen.

Efter to års forhandlinger underskrev oprørerne i syd i januar 2005 en samlet fredstraktat med regeringen, der markerede afslutningen på borgerkrigen. Den Samlede Fredsaftale, der blev underskrevet i Nairobi, gav den sydlige region begrænset selvstyre og adgang til en folkeafstemning om fuld uafhængighed i 2011. Aftalen indeholder en høj grad af selvstyre for den sydlige region. Regionen skal også dele olieindtægterne ligeligt med den nordlige region.